La représentation interne de la partition n'est rien de moins que le c1#1ur du problème de l'édition musicale. En effet, le logiciel d'édition ne pourra offrir que les fonctionnalités permises par sa structure de données. En d'autres termes, en adoptant une représentation d'une partition le programmeur fixe les possiblités d'édition que son outil pourra offrir [48].
Le niveau d'abstraction de la représentation interne de la partition est souvent proportionnel au nombre de possibilités offertes par le logiciel.
Un logiciel dont la représentation interne est analogue au MIDI, par exemple, ne permet ni la justification, ni le déplacement des notes pour améliorer la lisibilité. Il pourra par contre permettre de jouer la musique, ou d'insérer des notes. D'un autre côté, un logiciel disposant juste d'une représentation graphique simple permettra toutes les manipulations d'édition sur une voix mais ne permettra pas l'alignement vertical des différentes voix, la transposition ou même l'extraction des parties.
Le problème de la représentation des partitions musicales peut être illustré par l'exemple suivant : supposons que vous vouliez dicter une partition à une personne au téléphone. La façon de dicter la partition dépend beaucoup de la personne que vous avez au bout du fil. Si vous dictez à un musicien occidental, pratiquant la même musique que vous, il vous suffira de lui dire : clé de sol, puis mi, fa, sol, etc. La personne ayant les mêmes connaissances que vous dessinera une portée, la clé au bon endroit, puis écrira ces notes en les plaçant presque de la même façon que vous. Si vous dictez la même partition à une personne ayant fait juste un peu de musique, sachant dessiner les notes, mais ne sachant pas lire une partition, vous devrez lui dire de dessiner une portée, une clé au début de la portée, puis une noire sur le première ligne, une autre noire sur la deuxième ligne espacée de tant de centimètres, etc. Et enfin si vous dictez les partition à une personne qui n'a jamais vu de partition de sa vie, vous lui diriez de dessiner 5 lignes horizontales parallèles espacées de tant de millimètres puis de dessiner un disque noire à tel endroit, puis de dessiner une barre verticale, etc. Plus la personne a de connaissances musicales proches des vôtres, plus la dictée est courte et facile.
Dans le domaine des logiciels le problème est le même. Si le logiciel a une représentation conceptuelle évoluée de la partition (par analogie au musicien), la seule information dont il aura besoin pour reconstruire la page est la suite de notes. Par contre, ce même outil deviendra extrêmement rigide dès qu'on essaiera de sortir du cadre de la musique qu'il sait se représenter. Il faudra ainsi, quand c'est possible, faire des versions adaptées aux différents styles de notations et de gravure pour permettre une édition plus libre. Le logiciel ne disposant que d'une représentation formelle de la partition permettra, par contre, toutes les libertés, mais rendrait l'édition d'autant plus pénible qu'il faudrait tout lui indiquer (placement des notes, espacement, alignement, etc.)
Le problème est donc de trouver un compromis entre la facilité et la rigidité des premiers d'un côté et la liberté pénible des deuxièmes de l'autre.